Der A-Kirchenmusiker studierte am Bamberger Dom und an der Hochschule der Künste Berlin. Die erste feste Anstellung als Organist erhielt er mit siebzehn Jahren in der Paulus-Kirche in Schwerte/Ruhr. Heute ist er Organist an der Berliner St. Hedwigs - Kathedrale (Curriculum vitae).

2006 spielte Florian Wilkes an der Universität Tokyo. 2007 führten ihn Konzertreisen unter anderem nach Finnland, Österreich und Polen. In 2008 ließ er sich in Dänemark, Schweden Schottland und in der Schweiz hören. In 2009 gab er ein Dutzend Konzerte im Nachbarland Polen, u.a. aus Anlass der deutsch-polnischen Versöhnungsfeiern. Außerdem gastierte er in den Niederlanden und an der Königlichen Holmenskirke in Kopenhagen. In Aberdeen spielte er Reubkes 94. Psalm. 2010 spielte Florian Wilkes im Audimax der Ruhruni Bochum ein Konzert mit allen sechs Orgelsonaten von Mendelsssohn. Ebenfalls in 2010 konzertierte er unter anderem in Washington, National Shrine, auf der Compenius-Orgel des Königlichen Schlosses zu Frederiksborg, in der Leonhardtskirche zu Basel (Andreas Silbermann rekonstr.), auf Gottfried Silbermanns Meisterwerk in Niederschöna (Erzgebirge), beim Internationalen Orgelfest in Breslau und in Schottland (die drei großen Orgelwerke von Franz Liszt). In 2011 wurde er zur Internationalen Konzertorganistenreihe nach Washington, D.C., National Cathedral und in Engels Domkirche zu Helsinki eingeladen, um dort Franz Liszt und Johannes Brahms zu interpretieren. In 2012 gab er Gastspiele in St John the Divine, NYC, erneut in National Shrine, Washington D.C., in der Klosterkirche zu Sorø und auf der ältesten spielbaren Orgel zu Sion im Wallis, 1435. In 2013 wurde er nach London auf die großen Orgeln der St Paul's Cathedral eingeladen und spielte in vielen Konzerten Deutschlands Transskriptionen von Wagners Werken zu dessen Jubiläum (Tannhäuserouvertüre, Karfreitags-zauber, etc.) Er erweiterte in 2013 und 2014 sein instrumentales Spektrum und spielte Bachs Wohltemperiertes Klavier auf dem Cembalo und entwickelte ein Konzertprogramm für Kunstharmonium mit Originalliteratur für Harmonium.

Florian Wilkes wurde gefördert durch die Goethe-Institute Osaka und Paris, den Deutschen Musikrat und die Gotthard-Schierse-Stiftung. 

 Seine Einspielung von Dvořàks 9. Symphonie auf der großen Sauer-Orgel des Berliner Domes wurde vom Berliner „Tagesspiegel“ im internationalen Vergleich zu den besten CDs des Jahres 2006 gerechnet (Discographie). Insbesondere Florian Wilkes’ Umgang mit historischen Orgeln von Silbermann bis Sauer wird von der Fachwelt und der Presse als hervorragend aufgefasst (Rezensionen).

Für Meisterklassen wird er von Hochschulen ins Ausland geladen.

Florian Wilkes komponiert Musik für die unterschiedlichsten Besetzungen (Komponist).
Seine Kompositionen werden in Rundfunk und Fernsehen gesendet.

Seit 1996 hat Florian Wilkes acht Orgel-Solo-CDs, zwei Orgel-Trompete-CDs und eine Orgel-Saxophon-CD veröffentlicht (Discographie).