Florian Wilkes spielt Johann Sebastian Bach Schwerte, 2008, Benefiz-CD, Riegner & Friedrich - Orgel, J.S. Bach, Kleine Orgelmesse und Partita „O Gott, du frommer Gott“ Erhältlich bei Kontakt, St. Viktor - Schwerte

Sursum Corda Reichenhall, 2006
Historische Maerz-Orgel von 1899
Karg-Elert, Reger, Rheinberger, u.a. Erhältlich bei Kontakt, Zeno Reichenhall, Amazon, Dussmann

Dvořáks 9. Symphonie Berliner Dom, 2005
100 Jahre große Sauer-Orgel
"Dvořáks Meisterwerk, im Alleingang gespielt auf der bombastischen Sauer-Orgel des Berliner Doms - ein existentielles Hörerlebnis!"
(Tagesspiegel, 10.12.2006) Erhältlich bei Kontakt, Berliner Dom, Amazon, Dussmann

Paris Berlin St. Hedwigs-Kathedrale Berlin, 2001
Große Klais-Orgel von 1977
Franck, Vierne, Widor, u.a. Erhältlich bei Kontakt, St. Hedwigs-Kathedrale, Amazon, Dussmann

Johann Adam Berner-Orgel St. Florian Sillenstede, 2005
Johann Adam Berner-Orgel, 1757
Toccaten von Bach, Liedvariationen von Sweelinck
Erhältlich bei Kontakt, St. Florian, Amazon

Wilkes plays Bach, Vol. 1 Schloss Charlottenburg, 2001
Rekonstr. Arp Schnitger-Orgel von 1706
Bach, Präludium und Fuge Es-Dur, Fantasie und Fuge g-moll, u.a. Erhältlich bei Kontakt, Schloss Charlottenburg, Amazon

Wilkes plays Bach, Vol. 2 Schloss Charlottenburg, 2001
Rekonstr. Arp Schnitger-Orgel von 1706
Bach, Präludien und Fugen C-Dur, G-Dur, Fantasie G-Dur, u.a. Erhältlich bei Kontakt, Schloss Charlottenburg, Amazon

Trompete & Orgel, Vol. 2 St. Hedwigs-Kathedrale, 2001
Konradin Groth spielt italienische Barockkonzerte und drei Choralvorspiele von Florian Wilkes Erhältlich bei Kontakt, St. Hedwigs-Kathedrale, Amazon

Saxophon & Orgel St. Hedwigs-Kathedrale, Berlin, 2000
Friedemann Graef spielt Originalkompositionen und Transkrip-
tionen von Vaughan Williams, Satie, Wilkes, Graef und Spirituals Erhältlich bei Kontakt, St. Hedwigs-Kathedrale, Amazon, Dussmann

Trompete & Orgel, Vol. 1 St. Hedwigs-Kathedrale, Berlin, 1998
Konradin Groth spielt Bach, Purcell, Albinoni, u.a. vergriffen

Romantische Orgelfantasien St. Hedwigs-Kathedrale, Berlin, 1996
Große Klais-Orgel von 1977
Liszt, B-A-C-H und Ad nos,
Kiel, drei Fantasien Erhältlich bei Kontakt, St. Hedwigs-Kathedrale, Amazon

Syburger Sonntagsmusiken (Sampler) Syburg, 2006
Sebastian-Orgel, 1998
Sampler von Live-Mitschnitten bekannter Organisten: Wunderlich, Stockmeier, Baumgratz, Wilkes, u.a. Erhältlich bei Kontakt, St. Peter - Syburg

Es hielten Tegels Gitter … Berlin, 1996, Bernhard Lichtenberg-Gedächtnismusik, Sampler mit Chor-, Solo-, Orgel- und Kammermusik; Orgelsinfonie in A und Cello-Sonate von Florian Wilkes, u.a.
vergriffen

Messe Solennelle Konzertmitschnitt 1998, St. Joseph - Berlin Tegel vergriffen